Dafür gibt es tatsächlich einige Freeware-Programme. Z.B. Gios PDF Splitter and Merger oder jPdf Tweak. Wer es etwas komfortabler mag (mit Vorschau, Drehung einzelner Seiten etc.), probiert A-PDF Page Master. Ob man dafür $27 ausgibt, hängt davon ab, wie oft man so etwas machen muss. Mit A-PDF Page Master manipuliert man allerdings immer nur eine einzelne Datei. Für das Zusammenfügen bietet die Firma ein weiteres Produkt für - wer hätte es nicht vermutet - $27 an. Ich empfehle: mergen mit einem Freeware-Programm und die anschließende Manipulation - wenn es einem die Bequemlichkeit wert ist - mit A-PDF Page Master. Übrigens: Probieren geht über studieren: Die Trial-Version hat den vollen Funktionsumfang, fügt aber einen Stempel (Watermark) ein.
Eine weitere Alternative ist die Anschaffung von PDF-XChange Viewer PRO, der für $24,50 viele, viele Funktionen bietet. Außerdem scheint gerade eine Promotion in der c't zu laufen. Zumindest ist bei docu-track (noch) ein entsprechender Login da.